【門診】
感染科門診每週一至五提供各類常見感染症疾病之門診照護，舉凡各種細菌、病毒、真菌及寄生蟲等之診斷及治療，以及旅遊感染及各種流行性疾病疫情之諮詢。除固定之感染科專科門診外，感染科醫師同時也支援本院之一般內科門診服務、佳里院區感染科門診以及台南監獄看守所愛滋病之門診照護。每月門診病人數約1300人次。
【住院】
本科現有住院病床數約七十床上下，照顧複雜的感染症病人包括:蜂窩性組織炎、壞死性筋膜炎、腦膜炎、複雜性腹腔內、骨盆腔、泌尿道感染、肝膿瘍、心內膜炎、性傳染病、愛滋病、肺炎及流行性感冒、不明熱、登革熱、新冠肺炎等。每月收住院病人數約260人次。
【會診】
本科接受所有和感染症相關問題及抗生素使用的會診，每月平均約一千八百次會診。亦支援相關院區之感染症照會。
【院內感染管制】
本科負責院內感染管制委員會決策之執行，平時負責協助院內感染管制護理師進行院內感染管制工作。不僅對所有疑似群聚突發之感染進行調查，亦於每月固定向院內感染管制委員會提出報告。
【新冠肺炎】
1. 疫情期間，協助設立一般病房及加護病房專區，由專責醫師偕同多專科團隊照顧確診個案。並利用防疫地圖篩檢出院內有發燒或呼吸道症狀之患者，建議其進行快篩或會診感染科醫師。
2. 成立RRT (rapid response team) 快速反應小組，及時提供疾病相關諮詢
3. 出入境篩檢: 因應疫情防治需求，本院亦提供民眾新冠肺炎之自費篩檢服務。