奇美醫院胸腔外科草創於民國84年。當時在南部胸腔外科並非一獨立專科，胸腔手術多由一般外科醫師執刀，有鑑於台南鄉親對於胸腔手術的殷切需求，馮瑤主任親赴台北榮民總醫院，師承許文虎主任，學習胸腔外科手術專業，並取得胸腔外科專科醫師資格，遂於民國84年創立了奇美醫院胸腔外科，提供大台南地區民眾專業的服務，廣獲鄉親好評。
本科主要治療領域為肺臟與上消化道疾病，如肺癌、食道癌、縱膈腔腫瘤等腫瘤切除手術，以及胸腔之外傷與感染。
本科於專業領域上不斷精益求精，於2006年起開展微創內視鏡手術技術，透過臨床服務的實踐，與動物實驗手術的輔助，漸進地掌握了微創肺楔狀切除手術、微創膿胸清除手術、微創肺葉切除手術、微創縱膈腫瘤切除手術、微創食道切除及重建手術、微創肺節切除手術等複雜手術技術，在蘇英傑醫師於2012年自美國梅約診所(Mayo Clinic)學成歸國後，本科開展了南台灣最早的達文西肺葉切除手術及食道癌切除手術業務。經歷多年發展，目前是台南地區首屈一指的胸腔外科醫療服務及訓練中心。
自2017年奇美醫院引進德國醫療儀器大廠西門子最新一代手術中定位輔助機械手臂Artis Pheno，本科便開始進行手術中微小肺結節定位手術，至2019年底已進行超過150例手術中定位輔助手術，對於未明原因肺結節是否為癌性病變之判斷，也在逐年提升，於2019年已達78%之準確率。
永康奇美醫院 胸腔外科 由馮瑤主任、蘇英傑醫師、陳照坤醫師等三位專科醫師駐任，柳營奇美醫院 胸腔外科 由盧建志醫師、梁瑞麟醫師二位專科醫師駐任，協力提供大台南地區胸腔外科病患許多難症、重症之醫療照顧，推動大台南地區胸腔微創手術及達文西機械手臂手術等先進醫療技術之進展，期許成為大台南地區民眾最信任之 胸腔外科 醫療單位。
