在這一階段，醫師要把牙齒表面與牙根深部的牙菌斑、牙結石等物清除掉並控制口腔裡的齲齒窩洞。此外，還要教導患者如何進行正確的口腔衛生清潔，這樣牙菌斑才不會堆積於齒頸部周圍，導致牙周病的復發。

 1．牙結石清除 ( Scaling ) 

    由醫師把牙齒表面的牙結石用特殊治療器械清除掉，也就是俗稱的「洗牙」。醫師通常是用超音波潔牙機來完成此項工作。 牙結石清除後有些人的牙齒會對冷熱產生敏感的現象，這是正常的反應，一般會在一個星期之後消失。

2．牙根整平術 ( Root planing )

   　牙根整平術是把附著在牙根表面的牙菌斑以及受感染的牙根表面刮除掉，使牙根表面恢復乾淨與光滑，促使牙周組織癒合。進行牙根整平術時可視狀況施予局部麻醉以接受治療。 

3．口腔衛生訓練

       牙周病的主要原因，在於口腔衛生不當，使牙菌斑堆積造成牙周組織的破壞。因此，在牙周病的治療中，除了醫師純熟的技術外，還需要患者建立正確的口腔衛生習慣。口腔衛生的工作， 主要是靠牙刷、牙線……等的使用，將牙齒徹底刷乾淨。每天早晚各一次徹底的用牙刷及牙線就可常保口腔的健康。

                 牙周翻瓣手術

     經過5~6週的基本治療及口腔衛生教育，牙周組織發炎的情形可受到適當控制。但若先前組織受損嚴重，可能有些病灶無法於基本治療之下，就能加以完全控制，此時便須藉由牙周手術的方式將藏在牙周囊袋深處的牙菌斑與牙結石完全清除，並將遭到破壞而呈不規則的齒槽骨缺陷整形，使牙周組織回復健康。

牙周再生手術

 　牙周翻瓣手術雖可使牙周組織恢復健康，但是之前被細菌所破壞的牙周組織卻無法再生，使牙齒的功能受到影響。若是臨床條件需要，醫師還可使用人工骨粉及再生膜等生物材料，植入牙周缺損處，誘導牙周細胞的再生，修復先前受損的齒槽骨，使功能減退的牙齒，回復其穩定度及支持力。

      雖然經過漫長又辛苦的治療之後，牙周病獲得良好的控制。但是我們知道口腔內每天都有幾百種微生物與我們共生，因此牙菌斑隨時都會生長，所以除了每天繼續維持良好的口腔衛生習慣之外，接受定期的檢查與保養也是很重要的。因為在牙齒的周圍有許多地方是牙刷與牙線不容易完全到達的區域，這可能就是牙菌斑再堆積與生長的溫床，牙周病便從這些死角再次復發。所以牙周病患者應該每隔 3~6個月回診，由醫師為您作 "大掃除" 的工作。

    在牙周病治療的過程中，某些牙齒因為牙周組織受損太嚴重而無法挽救時就需要加以拔除。欠缺的齒列會造成口腔機能的障礙，因此患者便需要藉助義齒（假牙）的製作和裝配或植體的種植與膺復，來恢復其咀嚼，發音及美觀等功能。

      義齒種類大體上可分成固定式和活動式兩種。固定式義齒主要種類為牙橋。牙橋須前後端之牙齒作支柱牙，才能將義齒固定於其上。由於其基礎是建立在缺牙區前後端的支柱牙上，所以其咀嚼功能很好，而且不必拿下來。製作牙橋的先決條件，是支柱牙必須是健康且可承受力量的；如果任何一端支柱牙不健康，或是早就拔掉，或是因其他問題(如經濟因素) ，則應考慮製作活動義齒。 

      活動義齒於囗內仍有牙齒的情況下稱為部份活動義齒，全口無牙則稱全囗義齒。其主要的優點是支柱牙不必磨掉太多，且費用較少，但清潔時需將義齒取下來。此外缺牙區的牙床所能承受的力量有限，所以咀嚼功能不到真牙之一半 ( 全囗義齒) 。有時金屬鉤子外露較不美觀，或是假牙支架使患者不太舒適，在剛戴活動義齒時難免會不太適應。若無法接受活動義齒，而又缺乏支柱牙可製作牙橋時，可考慮接受人工植牙的治療。 

      人工植牙在臨床應用上已有多年歷史。但近年來因歐美在材料及臨床應用研究上的進步，發展出成功率高(可達95%以上 )之種植系統，目前奇美牙科也已引進。其優點為用途廣泛，設計多樣化，可配合不同缺牙情況作不同設計。缺點是費用昂貴，治療時間長。醫師本身也需接受完整訓練，才能進行合乎標準之治療。