根管治療的方式，可分為兩大類：傳統根管治療(非手術式)及根尖手術(手術式治療)。

其治療步驟大略為：

1         麻醉：如果神經已變性或壞死，常無需麻醉即可進行髓腔開擴；若是牙髓處於急性發炎的情況下麻醉效果通常較差。

2         裝設橡皮布(障)：目的是為了在治療過程中，牙齒可不受口水、細菌汙染，並且可以防止器械誤吞。

3         髓腔開擴：以鑽石磨針鑽開髓腔。

4         拔髓處理：利用根管銼針將感染的牙髓組織移除。

5         根管修形與擴大： 為了讓沖洗液發揮效用，以及提供根管充填的空間，必須以根管銼針做適當的修形與擴大。

6         根管沖洗

7         根管緻密充填：根管擴大清創完全後必須以糊劑加馬來膠做緻密的充填。

若是牙根尖病變過大（如囊腫）、懷疑牙齒內有裂痕、牙齒內有不可移除之釘柱、或是經過傳統根管治療仍然症狀不消的情況時，根尖手術是另外一項治療的選擇。牙根尖的手術需配合顯微鏡以及超音波器械操作，治療過程精細，故須費時約2~3個小時，大部份在門診即可做，不必住院。術後一般而言並不影響日常生活，但仍需配合醫師定期回診追蹤檢查。