精神醫療是綜合醫院中不可或缺的一環。尤其自民國79年12月7日精神衛生法公佈施行後，國家正式用法令來保障精神病人權益，提供醫療照護。民國80年3月前院長詹啟賢（現為榮譽院長）鑑於當時雲嘉南地區極度缺乏的精神醫療資源，將前逢甲醫院（現為奇美醫院樹林院區）舊址，全面規劃為精神醫療服務用途，當時聘請李添誠主任擔任精神科病房籌設委員會總幹事，並敦聘前成大醫院院長徐澄清教授及前成大精神部陳永成主任擔任顧問，籌劃與執行精神科之發展。終於在民國81年4月20日正式開幕營業。當年，一切從零開始，在董事會及醫院鼎力支持，以及李添誠主任帶領所有同仁全力投入下，一路走來，篳路藍縷，已發展出諸多精神醫療模式，造福許多精神病人及其家屬。
精神科成立以來，正好經歷了奇美醫院的轉型：從以醫療服務為主的區域醫院，邁入以服務、教學、研究並重的醫學中心。精神科的醫療服務，在李添誠與張鳳麟兩位前主任的帶領與大家的努力下，已具有一定的口碑與基礎；而這幾年來，在林進嘉主任與全體同仁努力下，教學與研究也有長足的進步。另外在毒癮戒治、自殺防治、家暴暨性侵害防治業務，亦積極投入，善盡社會責任，頗具成效。
民國99年12月起，為整合奇美醫療體系精神醫療資源與促進合作，奇美醫院精神科和柳營奇美精神科共管，由林進嘉主任擔任柳營奇美精神科主任，並秉持以人為本的醫療關懷精神，開始奇美醫療體系精神科的「精神疾病康復社群」之社區復健方案。99年運用藝術治療於精神科之日間留院個案，並於奇美醫院辦理「藝術治療展覽」；101年於柳營辦理「為病朗讀」醫療關懷講座，分享柳營精神科百合烘焙坊的產品與病友的成就感動；102年起樹林院區進行「精神病友奉茶服務復健方案」，鼓勵精神病友藉由奉茶服務，學習接觸社會不同族群、文化和工作背景的民眾，走出孤立、融入人群、讓關懷靠近。並辦理系列活動，以彰顯「以人為本」的人道精神，鼓吹社會大眾對精神病友的支持、關懷與接納。108年8月1日精神科晉升為精神醫學部，分出4個次專科-兒童及青少年精神、成人精神醫學、高齡精神醫學、成癮防治。
目前樹林院區有8位主治醫師、5位住院醫師，精神醫療團隊人員共八十餘人。治療模式有門急診、急性病房40床、日間留院50床、居家治療等治療模式。工作人員，由精神科醫師、臨床心理師、社工師、職能治療師、護理師、藥師組成醫療團隊，綜合病人生理、心理、社會及靈性層面之問題，提供人性化、家居化及專業性精神醫療服務。我們期待在快速變遷的社會中，能不斷提升精神醫療品質，服務精神病人與家屬，善盡社會責任，加強教育訓練，培養優秀人才，致力研究發展，以達一流醫學中心精神科的水準。