奇美醫院非常重視急重症的醫療，因為這是醫療的根本、是民眾極需的醫療服務，也就是許文龍創辦人說的：『別人不做的，就由我們來做』。
奇美醫院
本院自民國八十一年起，聘請受過完整訓練的急診專任醫師在急診室擔任第一線急救醫療服務，帶動國內醫界在急診室成立專任醫師看診的風氣。於民國八十四年七月成立急診醫學科，由急診主治醫師二十四小時駐診，提供病人完善的醫療服務。
急診部原址在現在的第一醫療大樓牙科部，民國八十五年急診大樓擴建完成，急診室搬遷到第二醫療大樓，以一個小型綜合醫院來做規劃，內設有外傷區、非外傷區、急救區、手術室、觀察區、兒科診區、兒科觀察區、藥局等，並於急診室內設置急診專用的X光及電腦斷層掃描室。
隨著日漸增加的急診病人，並擴建第二觀察區及兒科診區，但由於急診病人數由每月6,000人次，已成長至每月約10,000人次，現有的空間已不敷使用。急診室於99年1月1日至7月30日完成擴建，擴建後所增加面積165坪，觀察床位由50床增加為76床。
急診部現有醫師近六十人，每班至少有六位醫師當班，平常白班及小夜班各有六至八位醫師值班，主治醫師二十四小時在第一線親自診療，確保急診品質。另外每日排有婦產科、耳鼻喉科、眼科、牙科等急診值班醫師。
奇美醫院參考歐美制度及我國情況，在邱仲慶院長指示下，2012年8月成立全人醫療科，將7位不同次專科主治醫師集結，照顧急診住院待床病人，銜接住院前治療。由於每位醫師都經過次專科訓練，處理病人熟稔，遇到複雜共病，討論後立即處理，於急診待床期間即開始治療、檢查，提早治療，加速康復，並縮短住院天數，提昇急重症病人照護品質。
柳營奇美醫院
柳營奇美醫院地處大台南北部，自民國九十三年起，本院聘請受過完整急診訓練的專任專科醫師在急診室擔任第一線急救醫療服務，由急診主治醫師二十四小時駐診，為病人提供更完善的急診醫療服務。
急診部現有醫師十二人，並有奇美醫院急診醫師支援看診，每班至少有二位醫師當班，白班及小夜班各有二至四位醫師值班，尤其主治醫師二十四小時都在在第一線親自診療，假日增加一名醫師以加強本院急診品質確保病人權益。另每日同時排有內科、外科、骨科、婦產科、加護醫學部及牙科等急診值班醫師。
急診室，以一個小型綜合醫院來做規劃，內設有外傷區、非外傷區、急救區、手術室、觀察區、兒科診區、兒科觀察區、X光檢查室、藥局等，設置有急診專用的電腦斷層掃描檢查室，並配備加護型救護車及專屬司機，提供專業急診服務。
另外隨著日漸增加的急診病人，由每月約3,000人次的急診病人數，已成長至每月約5,500人次，已然成為大台南溪北地區最大型有能力處理急重症病患之醫院。急診室亦於102年7月31日完成整修，以提供更優質之看診空間及服務。
佳里奇美醫院
佳里奇美醫院急診醫學科現有專任醫師五人，每班至少有一位醫師當班，平常白班及夜班各有一位醫師值班，尤其主治醫師二十四小時都在第一線親自診療，假日並增加一位醫師，以加強本院急診品質確保病人權益。另每日同時排有內科、外科、骨科、及加護醫學科等值班醫師作後線支援。
急診室原址在現在的綜合大樓一樓，以一個小型綜合醫院來做規劃，內設有檢傷分類處，診療區、急救區、觀察區等，並設置有急診專用的超音波，地下室有X光檢查室、先進的電腦斷層掃描檢查室，以及資訊電腦化，網路聯接奇美醫院及柳營奇美醫院，快速查詢奇美醫療體系內病人資訊，以提供專業急診服務。另外，進駐急診保全以維護急診病人及醫護人員之安全，預防急診暴力，提供安心、安全的醫療環境。
由於民眾的口碑，佳里奇美醫院的急診病人，短短兩個月已由每月1,500人次的急診病人數，成長至每月近3,000人次，現有的空間已逐漸不敷使用。在未來醫院新大樓建構完成後，急診室將規劃完整空間、動向、設備，以及更充足的醫護人力，以提供更優質的專業急診服務。
奇美醫療財團法人奇美醫院的急診醫學部是台灣最重要的急診醫學專科訓練醫院之一，奇美醫院訓練出來的急診專科醫師在業界頗受好評，都是各醫院爭相遴聘的對象，奇美醫療體系藉由佳里奇美醫院之設立，從地區醫院(佳里奇美醫院) 、區域醫院(柳營奇美醫院) 、到醫學中心(奇美醫院) ，有了完整各級醫院的結構，讓奇美醫療體系更能朝向成為全台灣最佳的急診訓練體系，希望能為急診醫學的發展盡一份心力。
院方重視急重症的醫療品質與服務，佳里奇美醫院急診醫學科一成立就已有每月近3,000人的急診病人。尤其是重症病人都慕奇美醫療體系之名，不斷地從各醫院轉來，緊急醫療救護系統的119救護車每個月都送來約300名的緊急傷病人。佳里奇美醫院在急重症醫療的重視，已經為台南海線七鄉鎮的鄉親提供緊急傷病時最好的保障。