為達成奇美醫學中心「成為民眾最信賴的健康照護體系」之願景，本院每年投入近2億元研究經費，設立研究輔導及獎勵機制，鼓勵同仁參與研究、出國進修及發表論文。此外，也與多家國內企業及知名大學如台北醫學大學、成功大學、陽明交通大學、高雄醫學大學、中山醫學大學等合作，開發醫學新知及醫材技術。
自2015年起，每年約有20案國內外專利申請，臨床研發成果亦逐漸落地。為使研發成果之推廣更具效率，於2021年9月成立任務型「醫材開發小組」，指派醫療主管及專任人員統籌專利及技術移轉相關業務。為使日益多元之創新研發能永續發展，小組於2023年9月更名為「新創醫材開發中心」，正式編制於醫學研究部之下。主要負責業務如下:
一、醫療器材開發異業合作。
二、專利申請、維護與管理
三、合作備忘錄、開發合作、專利共有、技術轉移等合約簽署。
四、技術移轉相關事務
- 評估具潛力之研發成果進行商品化
- 協助技術移轉合約擬定與衍生利益金討論
- 媒合廠商或學研單位開發合作