為追求日新月異的醫療水準與期許與國際接軌，外科部在院方的支持下，陸續安排主治醫師前往國際知名的醫學中心進修，學習更先進的手術，以提升醫療品質。奇美醫學中心在南台灣享有盛名，身為一級醫學中心，外科部成員亦兢兢業業，期許在現有的醫療水準上更進一步，為民眾之健康及醫療提供更好的服務。
目前外科部設有一般暨消化系外科、大腸直腸外科、神經外科、脊椎外科、心臟外科、泌尿外科、胸腔外科、整形外科、移植外科、小兒外科及外傷科.等。由主治醫師、研究員、住院醫師、專科護理師、傷造口護理師加上專責藥師、營養師以及社工師組成一個照護團隊！
本部為外科專科醫師訓練醫院並為一般暨消化系外科、大腸直腸外科、乳房外科、神經外科、脊椎外科、心臟外科、泌尿外科、胸腔外科、整形外科等次專科醫師訓練醫院，目前也是南部地區重要的器官移植醫院（心、肝、腎移植手術）。提供雲嘉南地區民眾各種急重症、心血管手術、各種癌症根除手術、脊椎手術、內視鏡微創手術等服務。
術後加速康復（ERAS） 是最近醫學界強調的 手術麻醉照護的整合性全人醫療。 數年前在本院先由大腸直腸外科推行， 讓接受大腸癌手術之病人，在整個手術醫療的過程中，可以減緩術後不適，加速身體機能康復， 進一步降低手術的併發症。同時，享有輕鬆舒適的恢復品質，儘早回到正常的生活及工作。 於113年的1月也開始全面推廣到整個外科體系， 藉由結合各醫事職類及全人醫療的推動， 全面落實於臨床作業中，提昇病人安全與確保醫療品質。