一一本院於民國75年成立復健科及物理治療部門，致力於提供專業且便利的復健醫療。民國78年增設職能治療部門，民國82年成立兒童治療部門，專門為兒童提供專業治療。隨著需求增加，民國86年設立語言治療及心肺復健部門，並於民國87年核准為復健科專科醫師訓練醫院，開始培訓專業醫師，目前已有許多優秀的醫師在台灣各地造福民眾。
一一自民國89年起，本院與社區及多個機構合作，提供更廣泛的復健服務，如歸仁早期療育中心、蘆葦啟智中心、德蘭啟智中心等。民國91年與台南市美善基金會、天壇新化老人中心合作，提供早期療育及老年復健服務。接著幾年，本院與多個復健中心合作，為不同年齡層及特殊需求人士提供專業服務，包括鴻佳殘障庇護中心及溪北區嬰幼兒發展中心等。民國93至94年間，協助台南啟智學校及啟聰學校提供復健及語言治療。
一一隨著服務內容的提升及完善，民國102年10月，復健科升格為復健部，並於民國104年遷至第五醫療大樓1樓，提供更寬敞且完善的空間，民國106年11月，周偉倪總監榮升佳里院區院長，民國114年8月，周偉倪總監榮升柳營院區院長。本部編制目前設有專任主治醫師、物理治療師、職能治療師、語言治療師及臨床心理師，擁有全方位的復健醫療團隊是本科的特色，期盼能提供民眾高品質的復健服務。