本院心臟血管內科創設於民國七十四年本院創立時，後續並設置心臟科加護病房，民國100年重新整修。
民國八十四年三月成立心導管室並於同年五月開始介入性治療及心臟電氣燒灼術，目前每年約執行1300例以上介入性治療，包括心臟急性心肌梗塞的快速緊急冠狀動脈介入治療，複雜性冠狀動脈介入治療，支架置放，周邊血管介入治療，冠狀動脈旋磨技術（ROTA, Rotational atherectomy）、血流儲備係數（FFR, fraction flow reserve）、血管內超音波（IVUS, Intravascular Ultrasound）、光學斷層掃瞄影像（OCT, Optical Coherence Tomography）、各項心臟節律器及植入性心臟內去顫器放置，以及心臟移植術後追蹤…..等等，心臟科醫師及相關醫療人員在整合性之環境中執行醫療業務、提升檢查效率、改善治療品質。
民國八十五年經中華民國心臟學會評鑑通過為心臟科專科醫師訓練機構，可以訓練心臟科專科醫師，每年可招收3名心臟科研究員，訓練期限兩年，訓練完可參加心臟專科考試，第三年可留院作資深研究員，從事更進一步臨床訓練及學術研究訓練，為晉昇的必經管道。
秉持「以病人為中心」之核心理念，持續推動醫療品質與技術創新，跨足臨床照護、教育訓練與國際交流。自通過冠狀動脈照護品質認證以來，陸續更成立心衰竭強化功能中心及腫瘤護心團隊，並屢獲國家醫療品質獎與美國心臟學會(AHA)肯定。近年更結合AI智慧醫療與跨領域整合，持續引領南台灣心臟醫療發展，邁向國際級專業中心。
持續發展各項醫療技術，提供多元治療選擇：
●心導管檢查及診療：心導管檢查、心血管氣球擴張PCI(經皮冠狀動脈介入性治療)、複雜性冠狀動脈治療介入、支架置入、、24小時緊急心導管、經血管超音波(IVUS/OCT)、冠狀動脈高速鑽頭研磨術(ROTA)、ShockWave IVL 血管内碎石術。
●周邊動脈阻塞疾病：周邊血管介入治療、深層靜脈栓塞血栓症、肢體動靜脈阻塞。
●電生理檢查及診療：電氣生理學檢查、2D與3D心律不整電燒手術、心導管電氣燒灼手術(熱能燒灼電燒Ensite X、冷凝球囊電燒CryoAblation)、永久性或生理性心臟節律器置入術、無導線心臟節律器(Micra)、心房顫動及心室頻脈電燒手術、體內去顫器(ICD)植入手術、心臟衰竭心律調節器(CRT)植入手術、血管外心臟去顫器植入手術(EV-ICD)。
●結構性心臟介入治療：左心耳封堵術(LAAO)、經導管主動脈瓣膜置換術(TAVI)、心房中隔缺損閉鎖術(ASD/VSD)、心室中隔缺損閉鎖術(VSD)、心臟瓣膜整型術服務。
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重要里程碑
85年（1996）｜Stent開始使用，奠定導管治療基礎86年（1997）｜ROTA旋切術開始使用
96年（2007）｜IVUS血管內超音波導入臨床
99年（2010）｜OCT光學同調斷層掃描技術啟用
100年（2011）｜FFR血流分數分析開始使用
102年（2013）｜成為南區首家通過「心臟血管疾病照護品質認證」醫院
106年（2017）｜成立心衰竭團隊，並通過「心衰竭疾病照護品質認證」
107年（2018）｜完成奇美醫院首例TAVI手術
108年（2019）｜成立腫瘤護心團隊，強化跨領域合作
113年（2024）｜「強心圈」團隊榮獲美國心臟學會Gold Plus最高榮譽
114年（2025）｜完成嘉南區首例EV-ICD與多項尖端導管術式