本院眼科部創設於民國五十九年由高振中及王安靖醫師領銜服務眼科病人十餘年。
民國七十八年開始招收訓練住院醫師。隔年特聘蔡武甫醫師擔任本院眼科部主任，帶領眼科部服務雲嘉南地區民眾，其服務病人數眾多，堪稱盛況空前。
民國九十四年經中華民國眼科醫學會評鑑通過為眼科專科醫師訓練機構，可以訓練眼科專科醫師，每年可招收眼科住院醫師，訓練期限四年，訓練完可參加眼科專科考試。目前眼科部由郭淑純部長帶領之下，積極發展次專科，科內再細分為：一、視網膜 二、角膜 三、青光眼 四、斜弱視&小兒眼科 五、葡萄膜炎 六、屈光 七、眼整形等七個次專科，為雲嘉南地區民眾提供眼科疾病診察和治療。