【一】設立目的與緣起：
依據勞工健康保護規則第四條：設置於工業區、工業密集地區、港區或航空站等事業單位，得聯合設置醫療衛生單位。由台南科學工業園區開發籌備處邀集廠商決定以聯合設置方式，於園區內成立診所，提供園區內廠商從業人員與眷屬之各項健康管理與服務。
【二】籌設過程：
- 八十六年八月提出經營計劃供南科園區廠商、官方之南部科學工業園區管理局.
- 八十八年八月起成立附設台南科學園區診所籌備小組，並提設立及營運計劃書，逐級經台南縣醫審會與衛生署醫審會審議通過，正式成立「財團法人奇美醫院附設台南科學園區診所」。於八十八年十月底取得開業執照及完成健保合約。
- 八十八年十一月起正式對園區廠商員工及鄰近居民提供醫療服務。
- 八十九年八月勞委會勞工安全衛生研究所專家參訪後建議醫療機構名稱應改為「台南科學工業園區聯合診所」
- 九十年三月由財團法人奇美醫學中心、台灣科學工業園區科學工業同業公會、南部科學工業園區管理局共同擬定「台南科學工業園區聯合診所委託經營合約書」，並完成簽約，現有30幾家區內廠商參加聯合設置體系。
- 為國內政府開發之工業區與科學園區中，第一個以BOT方式，方式引入民營醫學中心之醫療服務團隊入區服務。
- 編制現有醫師二名，兼任醫師8位，護理師5名、行政人員3名、藥師1名、放射技師1名、醫檢師1名。
【三】我們的任務
- 職業傷病及一般傷病之診治有關事項。
- 勞工之預防接種、保健有關事項。
- 協助雇主選配勞工適當之工作。
- 體格檢查及健康檢查有關事項。
- 職業衛生之研究報告及傷害疾病紀錄之保存。
- 協助雇主及勞工安全衛生人員實施職業病預防及工作環境之改善。
- 提供職業專科醫師臨廠服務。
- 2001 國家生技醫療品質獎，以「台南科學工業園區聯合診所」獲選入圍獎。
- 南科園區全國年度毒化災救護演練。
- 辦理南科園區團膳業務勞工健康管理講習。
- 南科園區聯防系統，擔任醫療組長。
【四】我們的目標：
『以提供全方位醫療，扮演台南科學園區大家庭之家庭醫師角色』