本科以家庭為單位的整體照顧，強調生理、心理與社區整合的人性化醫療服務；在教學上強調醫術、醫德兼備，講求醫病溝通與互動，團隊合作及認真負責的家庭醫師之培育；在研究上積極從事各種與家庭醫學、社區醫學、行為及預防醫學之相關研究。
家庭醫學的訓練內容除內、外、婦、兒、精神等臨床醫學的整合訓練外，尚包括行為科學、社區醫學、基層保健醫療實務與預防醫學，目前本科除負責家庭醫師人才的培育外，並協助推廣基層醫療、演講、義診，開業醫師繼續教育，家庭醫師制度的推廣及實習醫學生的教育等。
- 民國114年2月
家庭醫學部下新設二級單位「社區醫療轉銜中心」；並取消原社區聯絡組編制，其業務併入新單位。
- 民國113年12月
預防醫學科由健康管理中心轉至家庭醫學部下
- 民國113年2月
強化健康業務，由社區發展組獨立出健康促進組。目前家庭醫學部下設老年醫學科、緩和醫學科、南科診所、社區聯絡組、健康促進組，為台南鄉親提供全人、全程、全家、全團隊、全社區的五全照護服務。
- 民國112年8月
家庭醫學部擴編，老年醫學科與緩和醫學科回歸編制，提供從預防到末期，從病房到社區的全人、全程、全社區服務。
- 民國106年8月
家庭醫學科升為一級單位家庭醫學部，下設社區發展組與南科診所負責社區醫療業務，並受委託經營和平診所。
- 民國90年
成立一級單位社區醫療部，家庭醫學科、預防醫學科、南科診所歸屬社區醫療部，整合各項社區醫學工作，推廣全人醫療。
- 民國89年
成立預防醫學科，作為住院醫師預防醫學、社區營造方面學習及訓練。
- 民國88年
成立南科診所，作為住院醫師社區訓練。
- 民國79年
成立家庭醫學科，招收住院醫師訓練。