財團法人奇美醫院前身－逢甲醫院於民國57年01月14日設立，發起人—李興亞先生有鑒於當時台南地區醫療資源嚴重不足，邀集38位熱心社會人士、醫界人士共同捐助成立。初期設立內科、外科、婦產科、小兒科、牙科及耳鼻喉科等六科，病床66床，手術房兩間。六十年代先後購置有電腦斷層攝影及超音波等最新設備，以當時設備之新穎實無出其右者。初期院址位於台南市五德街138號，佔地300多坪。
外科部門由首任院長李興亞醫師負責，有主治醫師鄭康和醫師及林禮文醫師。醫院規模雖小，但設備之完善管理之良好，當時在南台灣享有盛名。院方每週定期舉行全院性學術討論，外科手術範圍包括：一般外科、骨科、神經外科、泌尿外科及小兒外科。如有特殊病例，則商請台北榮民總醫院或三軍總醫院專家如鄭不非醫師、鄒傳凱醫師及周良祺醫師前來協助指導，醫療水準不斷提昇，業務蒸蒸日上。長期以來因受病患之肯定，病床經常一位難求。醫院為擴大服務病患，遂於民國68年、71年及73年分別在五德街院址及南寧街天主教堂擴建及改建病床增至140床。民國72年10月，院方業務日臻穩定之際，李興亞院長退居幕後擔任創辦人之職，但仍繼續督導醫院業務並禮聘張維禎醫師接任院長一職，繼續增添設備擴張業務。然病患人數驟增，醫師人材顯著不足，此時幸有梁安億醫師、江秀山醫師、郭澄義醫師、王格之醫師及陳一醫師等先後加入本科行列，外科業務得以順利進行。但為遠程發展計劃，多數收入均籌備作為未來擴建醫院之用途。雖然醫師同仁們所得極為有限，但並不因此犧牲而鬆懈，仍為達成共同目標而加倍努力。
民國72年院方為擴大服務嘉南地區病患，覓得永康現址耗資購地5000餘坪，並向華南銀行貸款，於73年06月29日動工興建醫療大樓，當時前董事長陳其楚先生、創辦人李興亞醫師及院長張維禎醫師領導全院同仁夙夜匪懈勞心勞力，終日為達成服務廣大病患而努力。
民國75年02月第一期工程完工計病床290床、手術室09間、外科加護病房19床、恢復室6床等，03月25日正式開幕啟用。醫院各種醫療器材亦相繼到達，不幸的是在醫院規模初具之際，創辦人李興亞醫師即因積勞成疾於民國75年12月02日與世長辭，全院同仁無不悲痛惋惜。雖如此全院同仁仍秉持李創辦人之遺志，繼續以服務廣大病患為宗旨。後來並先後網羅各專科醫師精英如楊宏興等紛紛先後參與外科工作，一時人才濟濟。為達適才適用嘉惠病患，將外科分為一般外科、神經外科、骨科、整形外科、泌尿外科、胸腔外科、心臟外科、小兒外科等八科，各科均由專科醫師負責診療。外科部門為促進主治醫師進修並訓練住院醫師，每月舉辦死亡病例討論會，每週定期舉辦專題報告或病例討論會一次，各次專科每週均定期舉行病例討論會或心得報告會，每週五邀請國內外專家學者學術演講，以提昇醫療水準。此外對於先進技術之研發及引進更不遺餘力，如神經外科大腦立體定位術，一般外科腹腔鏡膽囊切除術，泌尿外科腹腔鏡腎臟固定術，體外震波碎石機及整形外科紅寶石雷射，對皮膚黑斑之治療等均有所成就。更於101年5月院方引進南台灣第一部達文西機械手臂，並指派多位主治醫師出國進修相關手術，以提供更先進、安全的微創手術。
醫院為提昇醫療服務品質，在硬體上除斥資更新設備外，在軟體上並派遣各專科醫師前往國內外醫學中心觀摩學習，如（1）江秀山醫師73年至台北榮民總醫院進修泌尿外科；（2）梁安億及王格之醫師74年至美國伊利諾州芝加哥路瑟醫院進修肝膽腸胃及甲狀腺之研究；（3）陳一醫師79年至榮民總醫院一般外科進修；（4）馮瑤醫師82年7月至台北榮民總醫院進修胸腔外科；（5）蘇俊仁醫師83年05月至德國科隆進修神經外科大腦立體定位術，並擬定各種鼓勵辦法，提高主治醫師研究發展及寫作論文興趣，凡在國內外醫學雜誌發表論文或相關醫學會發表論文報告，院方均給予適當之獎勵。
民國76年8月，為追求醫療日新月異的進步及永續經營之理念，遂邀集奇美公司參與此醫療服務事業，並更名為奇美醫院及改選董事會，由許文龍先生擔任董事長。民國79年04月張維禎院長功成身退，董事會特遴聘學養俱佳、行政資歷豐富之副院長詹啟賢醫師接任院長職務，繼續領導院務邁向醫學中心之目標。於原醫療大樓後面開始籌畫新建地下四樓地上十二樓之醫療大樓﹝現稱第二醫療大樓，原大樓為第一醫療大樓﹞，民國85年03月13日完成啟用。
民國89年，本院通過評鑑升等一級醫學中心，外科部歷經李浩銑醫師及邱仲慶醫師擔任部主任。外科部各科之醫療水準在質與量上均與日俱增。於民國93年邱仲慶醫師榮升後，由李瀛輝醫師接任部主任，期間並順利通過93年度及96年度醫院評鑑之一級醫學中心水準。之後再由温義煇醫師接任部主任，積極推動微創手術的發展。於100年因温醫師升任佳里奇美醫院院長，由田宇峯醫師接任部主任，更進一步的發展達文西機械手臂微創手術，嘉惠更多病患。
民國101年07月通過醫學會審核成為大腸直腸外科專科醫師訓練醫院，106年成立『經導管主動脈瓣膜置換術(TAVI)』團隊，108年03月正式成立大腸直腸外科及「傷口照護中心」，規劃「傷口照護特別門診」，現今每周一三五下午，提供各式困難複雜傷口處理，及心臟血管內外科之血管重建評估。107年03月 田宇峯部長榮升醫療副院長，由神經外科張進宏主任接任部長；111年01 月奇美醫院成立「乳房醫學中心」並以一站到底整合式提供病人全方位的診療服務。111年08月 張進宏部長榮升柳營院區醫療副院長， 由一般及消化系外科陳明鎮主任接任部長，泌尿外科黃冠華主任擔任副部長。