本院設置 29 間手術房間，包含有多功能影像手術室Hybrid OR及達文西專用手術房間，並於 2020 年將達文西升級為 XI 系統。手術排程資訊化以提升手術效率。外科系一般病房、心臟外科及移植外科加護病房床，外科及神經外科加護病房床，燒燙傷中心，提供完整緊急與重症醫療！目前外科部設有一般暨消化系外科、大腸直腸外科、神經外科、脊椎外科、心臟外科、泌尿外科、胸腔外科、整形外科、移植外科、小兒外科及外傷科.等。目前也是南部地區重要的器官移植醫院（心、肝、腎移植手術）。提供雲嘉南地區民眾各種急重症、心血管手術、各種癌症根除手術、脊椎手術、內視鏡微創手術等服務。由主治醫師、研究員、住院醫師、專科護理師、傷造口護理師加上專責藥師、營養師以及社工師組成一個照護團隊！