奇美醫院兒童牙科提供兒童全面的口腔保健服務以及治療，包含：塗氟、溝隙封填、齲齒填補、乳牙根管治療及牙冠復形、看診行為管理，全身麻醉全口重建、兒童及青少年咬合誘導，齒列發育評估、兒童及青少年牙齒外傷急症處理⋯等。並依據兒童年齡及配合度，提供有隱私的獨立診間、保護性肢體約束、全身麻醉等各種治療介入方式。
奇美醫院牙醫部原有六大專科，提供台南地區優質牙醫分科專業服務。然而在兒童健康權益逐漸受到重視的環境下，本院牙醫部於民國109年，由李俊育醫師加入後成立此專科。奇美醫院兒童牙科是雲嘉南地區，少數提供此專科醫療服務的大型教學醫院，民國114年在彭緯綸醫師的加入後，更加充實服務能量，並於民國115年正式通過衛福部之兒童牙科訓練機構評鑑，並開始招收住院醫師投入臨床教學與醫療服務。
1.互動式行為管理
奇美醫院兒童牙科著重在以學習心理學為基礎之兒童互動式行為管理，透過正向強化、Tell-show-do(TSD)...等方式誘導兒童學習面對看診的過程，陪伴孩子面對看牙恐懼。
2.全身麻醉全口重建
奇美醫院兒童牙科提供全身麻醉全口重建服務，主要針對年幼無法配合治療、深部阻生齒需切除、或有特殊需求（如：身心障礙、發展遲緩、全口蛀牙範圍廣泛...等）的孩子。確保在安全的狀態下完成複雜且長時間的治療，減少心理陰影，同時提升治療品質與安全性。
3.特殊需求兒童口腔照護
在本院兒科部、復健部、遺傳暨罕見疾病中心等單位的同心協力下，照顧著南部地區許多亟需協助的弱勢兒童，本院兒童牙科協同照顧廣大特殊需求兒童的口腔健康，如：障礙、自閉症、腦性麻痺⋯等。